張子敬在擔任副署長任內最大爭議為2008年被質疑主導蘇花高環評案，當時有許多環團到環保署前抗議，批評張子敬違反行政中立，更因強力主導讓環評委員面臨沈重壓力，甚至形成寒蟬效應，應該立刻下台。12年後的今天，張子敬主掌的環保署也屢次遭外界批評將手伸入環評會議，再度造成環評委員「寒蟬效應」，淡北道路、桃園鐵路地下化、桃園航空城等重大爭議環評案件，都在近期快速通關，只要進入大會的環評案件，無一沒有闖關成功。
環團連署聲明指出，自從張子敬接替李應元擔任環保署長後，卻反其道而行，一路為重大開發案服務，不論是環評、廢棄物、公民參與都呈現停滯甚至倒退，呼籲蔡總統與蘇院長，在今年2020年5月20日上任後的內閣佈局，環保署長一職應任命更適合的人選，而張子敬已在其環保署長任期內，證明自己的不適任。全台環保團體呼籲蔡總統蘇院長，勿提名張子敬續任環保署長。
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