環保署近年針對全國水庫水質進行大調查，發現全國51座水庫中，有29座水庫優養化，台灣本島佔了6座，包括明德、白河、鏡面、阿公店、澄清湖及鳳山水庫，其中明德與鳳山水庫，優養化程度嚴重，達100%，水質最差。
另外離島水庫普遍不佳，金門、澎湖、連江縣共26座水庫，就有23座水庫優養化，不過環保署強調，並不代表飲用水有問題，水質差只是提高淨水成本，民眾只要將水煮沸就可安心飲用。
不過環保團體，質疑環保署水庫水質監測數據，認為水質監測點，刻意避開汙染源，有美化數據嫌疑。環保署澄清，水庫水質監測，從每季提高到每月，監測頻率提高三倍，也會不定期更換水質監測點，如果發現水質汙染，一定會取樣追查汙染行為人並追究責任。
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